Enclavado en el edificio Rey Carlos III de la histórica Población Militar y Naval de San Carlos y a la sombra del Panteón de Marinos Ilustres se encuentra el Museo Naval de San Fernando. El edificio construido en estilo neoclásico, hoy edificio principal de la Escuela de Suboficiales de la Armada, fue terminado en 1798 para albergar La Academia de Pilotos e Intendencia del Departamento. Los fondos proceden en gran parte de las dependencias de la Zona, del Museo Naval de Madrid y colecciones particulares. Podrían destacarse: valiosos modelos de barcos de distintas épocas y tamaños, instrumentos náuticos, láminas, grabados, maquetas uniformes y condecoraciones de gran valor histórico y artístico.