La sede principal alberga las colecciones de bellas artes y arqueología. La primera contiene obras que van desde el siglo XII hasta la actualidad, cuenta con una colección de pintura gótica y obras de los pintores aragoneses Goya y Bayeu. La sección de Arqueología recorre desde la prehistoria hasta el periodo musulmán; entre sus piezas, uno de los documentos escritos más importantes de la Antigüedad en la Península Ibérica, el Bronce de Borrotina.