El Museo Arqueológico se inaugura en 1958 con fondos procedentes del Museo Municipal, de la Comisaría Provincial de Excavaciones Arqueológicas, del Gabinete Científico y de las adquisiciones de pequeñas colecciones. Así, Luis Diego Cuscoy, primer Director del Museo Arqueológico de Tenerife y Comisario Provincial, integra todos los materiales arqueológicos y restos humanos de la prehistoria de Tenerife en una única colección. En la década de los años 60-70 se incrementan los fondos con materiales de otros ámbitos geográficos (Sahara, Etnografía Africana y Arqueología Precolombina).En la década de los años 80 se produce una profunda remodelación. Se incrementa el personal científico y aumentan los fondos arqueológicos.