San Jerónimo, apenas tapado con un paño púrpura, hace penitencia emulando espiritual y físicamente la crucifixión de Cristo, acompañado de muchos de sus símbolos. El látigo, la calavera y la cruz hacen referencia a su vida de eremita penitente, el manto rojo y el sombrero a su condición de cardenal avant-la-lettre. El libro alude a su traducción al latín de la Biblia, conocida como La Vulgata. El león que se pierde en el paisaje forma parte de su leyenda.

Esta pintura fue encargada para el Hospital de los Desamparados de San Juan y San Pablo, uno de principales centros de la reforma católica en Venecia. Este ambiente religioso explica el énfasis de la obra en la penitencia y la excepcional automortificación, ya que tradicionalmente se muestra al Santo golpeándose con una piedra o en oración ante la cruz.

El ángel de la parte superior porta un rótulo con la leyenda nunc legit nunc orat nunc pectore crimina plorat, “ahora lee, ahora reza, ahora llora en su pecho los pecados cometidos”.

La obra ingresó en el Monasterio de El Escorial en 1593.