Pintura de formato vertical que recoge sobre un fondo nuetro una figura masculina de edad madura. Aparece representada de medio cuerpo y mirando al frente. Tiene el rostro ovalado y barbado, de ojos redondos, nariz aguileña y boca fina y cerrada. Viste sobrepelliz blanco y sotana negra, y cubre su cabeza con bonete negro debajo del cual asoma el pelo de color blanco. Del cuello le cuelga una cruz con una cinta blanca.
Según la inscripción que aparece en la parte superior del lienzo, cuando Covarrubias es retratado por Alonso Sánchez Coello tenía 62 años, por lo que la obra debe ser fechada hacia 1574. Se sabe que por estos años Sánchez Coello estaba pintando el retablo del Espinar, perteneciente a la diócesis de Segovia, y probablemente Covarrubias, como Presidente del Consejo Real, al mismo tiempo que le encargó el retablo del Espinar de su Diócesis, le confió también su retrato.

Por otro lado, este retrato es de la misma fecha que los realizados para la galería de Argote, y curiosamente tiene las medidas y el recuadro de los retratos de Sánchez Coello para la galería. Aunque no está incluido en la lista de los retratos de la galería, es muy probable que, como el del mismo Argote, hubiese sido hecho posteriormente para ésta. El conservado podría ser el original del que se mandara a la galería, o el estudio para un retrato mayor perdido, o el mismo ejemplar pensado originalmente para la galería, que el Obispo habría retenido, tal vez para incluirlo en un sala capitular o algún lugar parecido, donde hubiese sido parte de una serie de retratos de busto, haciéndose otro ejemplar para Argote.

Por la manera de caracterizar tan vigorosamente al personaje, por la forma de pintar los ojos, la boca, el cabello, la oreja, tan parecido todo a las obras conocidas del pintor, (...), no puede haber duda de que se trata de un retrato completamente de la mano de Sánchez Coello. El sobrepelliz pintado con ligereza sirve de soporte a la cabeza y tiene tan magníficos detalles en los encajes de mangas y escote que no parece que el pintor para este retrato usara un ayudante como ha pensado Breuer, ni tampoco originalmente habría sido de tamaño de tres cuartos, sino que corresponde, como se ha dicho, al formato de los retratos para Argote; en la copia del Greco se observa que originalmente fue un poco más largo, dejando a la vista la cruz.

Aquí vemos, (...), cómo el pintor, una vez libre de reglas cortesanas pinta todo lo que ve; ya no limita su realismo como lo hace en los retratos cortesanos, alisando en éstos el cutis y disimulando las arrugas. También en este retrato el pintor realza lo singular del personaje: una cara muy viril, inteligente y contenida, unos rasgos muy regulares, un hombre bien parecido con gran equilibrio mental y con una chispa de malicia y de sentido del humor.