Creado en 1995, se instala en la conocida como Casa de los Guardeses, un edificio de finales del siglo XIX de estilo colonial inglés. Su sección histórico-arqueológica abarca desde la prehistoria a la historia moderna y contemporánea, desarrollada a lo largo de seis salas, destacando los retos de Iulia Traducta y de Caetaria de época romana, así como fondos procedentes de la Algeciras meriní de los siglos XIII y XIV.