Tiene su sede en el antiguo Hospital de Nuestra Señora de la Misericordia, sito en un extremo del casco antiguo de Pamplona contiguo a las murallas. Del inmueble originario sólo se conserva la portada y la iglesia, ambas del siglo XVI. La adecuación reciente, obra de los arquitectos Garcés y Soria, se inauguró en 1990. Las piezas que en él se exhiben son muestra del rico patrimonio navarro desde la Prehistoria hasta el momento presente. La actividad propia del Museo se complementa con una interesante programación actividades.