Alberga una importante colección de arqueología que representa la riqueza de los yacimientos del sureste español: Los Millares, Almizaraque, Villaricos, Fuente Álamo, El Argar..., todos ellos de época prehistórica y protohistórica. Además forman parte de la colección de Historia Antigua obras de la Hispania Romana y piezas de la cultura Hispanomusulmana conservadas en la ciudad y su provincia. La colección de etnografía presenta usos y costumbres populares de la provincia a través de indumentaria tradicional, piezas de cerámica... Los arquitectos Ángela García Paredes e Ignacio García Pedrosa han sido los encargados de dar forma a la nueva sede del Museo. El resultado es un edificio de estilo contemporáneo, situado en un espacio reordenado urbanísticamente, dando lugar a una gran plaza pública abierta a la ciudad concebida como área de descanso. En el interior, los espacios se distribuyen conjugando luz, juego de alturas y estética en un vistoso artesonado de madera. El espacio central del vestíbulo y escalera doble estructuran el planteamiento arquitectónico y también el museográfico, permitiendo la circulación libre del visitante mediante recorridos temáticos alternativos. La presentación de las piezas consigue de manera magistral incorporar recursos didácticos variados: se muestran audiovisuales, elementos interactivos, escenografías y además, por primera vez se incorpora el lenguaje artístico contemporáneo al desarrollo del discurso expositivo, en un museo arqueológico.