Ocupa el lugar donde en otros tiempos hubo una villa romana, cuyo material se reutilizó para su construcción. El material arqueológico del Museo proviene en gran parte del yacimiento arqueológico romano del Entorno del Castillo de la Duquesa, compuesto por termas, villa, industrias de salazón de pescado y necrópolis, y que rodea al edificio que es sede del Museo.