Sus fondos están constituidos por objetos arqueológicos: ánforas, lingoteas de plomo sellados y otros productos del comercio. Contiene además una colección, única en el mundo de colmillos de elefante con inscripciones grabadas de época fenicia. Actualmente, se encuentran en tratamiento los restos del primero de los dos barcos fenicios del siglo VII a.c. excavados entre 1993 y 2001 en la Costa de Mazarrón.